Открыта 19 ноября 1846 г. как Кавказская духовная семинария. До открытия семинарии дела по учебной части велись в 1-м столе духовной консистории. Семинария готовила церковносвященнослужителей для Кавказской (Ставропольской) епархии. В 1849 г. в ведение духовной семинарии была передана библиотека Ставропольского Кафедрального собора. С 1874 по 1881 г г. в семинарии существовала кафедра калмыцкого языка для подготовки миссионеров. Со 2 апреля 1886 г. семинарии, как и всем духовным учреждениям епархии, присовено наименование Ставропольской. Семинария существовала до 1920 г.
Аннотация
Указы Правительствующего Синода; указания Кавказской (Ставропольской) духовной консистории и духовно-учебного округа; прошения о приеме учащихся; списки учащихся; сведения о результатах экзаменационных испытаний; отчеты Ставропольского и Екатеринодарского духовных училищ; переписка о преподавании местных языков в семинарии и подведомственных ей училищах; журналы педагогического и распорядительного собраний семинарии; переписка об определении выпускников в духовные академии; расписания занятий; формулярные списки преподавателей и служащих семинарии.